Bilişim Sistemleri Mühendisliği Yüksek Lisans programı, farklı disiplinlerden gelen lisans öğrencilerinin temel ve ileri düzeyde problemlere bilimsel çözümler üretebilen, akademik literatüre, endüstri uygulamalarına bilişim sistemleri konularında katkı sağlayabilecek mezunlar  yetiştirmeyi hedeflemektedir.  Bu hedefe ulaşabilmek için, ilerideki akademik ve araştırma kariyerlerini hazırlayacak şekilde güncel, bilimsel temellere dayanan, endüstri ile uyumlu  bir eğitim programını uygulamayı amaçlamaktadır. Aynı zamanda farklı disiplinlerden  gelen öğrenciler yazılım, bilgi sistem yönetimi, siber güvenlik, dijital dönüşüm gibi konularda yetiştirilerek, bu alanlarda iş bulmalarının yolu açılacaktır.